COVID.SI

Гражданская наука и борьба против коронавируса

Сейчас мы проводим докинг для мишени: 1*corona_3CLpro_v3
7 / 100 %

НОВОСТИ:

С помощью Microsoft, нам наконец удалось создать базу данных с миллиардом химических соединений, готовых для докинга. Мы все еще загружаем эти соединения на наш сервер, поэтому статистика на данном веб-сайте будем меняться и не будет полностью достоверной до окончания загрузки. Мы рады работать вместе с вами над новыми вызовами.

О нашем проекте

Принять участие может любой!

Команда ученых под руководством доктора Črtomir Podlipnik и доктора Marko Jukič подготовила проект, в котором люди могут принять участие в борьбе против коронавируса. Проект нацелен на исследование библиотек химических соединений и поиск лекарства от коронавируса.

История создания

В нашем проекте мы ищем лиганды – небольшие молекулы, которые способны успешно связываться с белковыми мишенями и изменять специфический процесс, важный для биохимии вируса. Мы вместе разработали программу, которую легко можно установить на ваш компьютер, чтобы помочь участникам найти лекарство от сегодняшнего невидимого врага. Найденный на основе молекулярного докинга идеальный лиганд должен быть комплементарным по форме и свойствам сайту связывания – специальному месту макромолекулы-мишени. При этом комплементарность небольших молекул – это только одно из необходимых условий для того,чтобы молекула стала лекарством. Поиск нужной молекулы лучше всего иллюстрируется примером поиска иголки в огромном стоге сена. Задача сильно усложняется из-за огромного числа возможных молекулярных структур. Общее число всех возможных молекулярных структур называют также химической Вселенной – размер этого абстрактного пространства можно оценить числом 10 в 80-й степени. В этой химической Вселенной есть много галактик, и одна из них – галактика с потенциально фармакологически активными молекулами. Метод поиска называется виртуальным скринингом. Теоретически, чем больше часть химического пространства, которую мы исследуем, тем больше вероятность найти потенциальное лекарство от коронавируса.

Распределенные вычисления

Вы можете помочь с использованием вашего компьютера. При помощи небольшой программы, вы загрузите подмножество соединений на ваш компьютер, исследуете соединения в контексте изучаемой мишени и отправите результаты на сервер, где их соберут для дальнейшего анализа.

Как еще вы можете помочь проекту?

Вы можете внести свой вклад, делясь информацией, которую узнали: путем чтения статей, поиска в Интернете, участия в форумах и социальных сетях, чтобы рассказать о ваших личных навыках и знаниях. Опытные добровольцы (исследователи и студенты биохимических, химических, фармацевтических и других специальностей) могут принять участие в разработке стратегии (предлагая цели и методы), помочь в технической реализации проекта: в подготовке мишеней, подборе лигандов или обработке результатов виртуального скрининга. Для заинтересованных добровольцев, которые хотят предоставить время своего компьютера, мы подготовили пакет, который загружает одну или несколько мишеней, множество лигандов, и впоследствии отправляет результаты серверу.

НОВОСТИ: 

  • Добавлена статистика нашей группы распределенных вычислений, все программы-клиенты обновлены и оптимизированы.
  • Подведены итоги первой успешной миссии проекта, в которой мы применили молекулярный докинг для поиска ингибиторов основной протеазы вируса CoV SARS-2.
  • Совместно с компанией NEOLINK мы разработали графический клиент (GUI) для докинга в Windows, который включает в себя экранную заставку с фотографиями всемирно известного фотографа Beno Saradžič.
контакты

Мы доступны для любых вопросов, идей или комментариев по адресу 
В случае возникновения вопросов или затруднений при использовании нашей программы, пожалуйста, свяжитесь с нами по адресу 

Мировые проекты гражданской науки, связанные с  COVID-19

Медицинская химия как сервис на основе машинного обучения
Санта-Клара, Калифорния, и Лондон, Великобритания
Здесь вы можете принять активное участие в проекте с вашими собственными идеями, рисуя эскизы молекул – потенциальных ингибиторов 3CLPro.

НАШИ ПАРТНЕРЫ И ПОМОЩНИКИ

rxtx-logo-text

Gama System zlati partner Microsofta

Beno Saradzic
Architectural Photographer
Time Lapse Cinematographer


А еще мы бесконечно благодарны всем добровольцам, которые принимают какое-либо участие в реализации проекта.