COVID.SI

Projekt “SKUPNOSTNA ZNANOST IN BOJ PROTI KORONA VIRUSU” je odprt projekt skupnosti dobromislečih raziskovalcev in prostovoljcev, ki želimo s svojim delom, znanjem in izkušnjami, prispevati kamenček v mozaiku poznavanja novega korona virusa in bolezni COVID-19, ki jo ta virus povzroča. Skupino vodiva strokovnjaka dr. Črtomir Podlipnik in dr. Marko Jukić, z dolgoletnimi izkušnjami s področja računalniško podprtega načrtovanja molekul, farmacevtske kemije in kemo/bioinformatike.

S somišljeniki ter prostovoljci so v zelo kratkem času razvili lastno tehnologijo, ki omogoča distribuirano računanje molekulskega sidranja. Tehnologija je osnovana na programčku, ki omogoča   povezavo uporabnikovega računalnika s strežnikom, ki distribuira del knjižnice molekul pripravljenih za molekulsko sidranje (trenutno 10 000 000 spojin). Po končanem sidranju (s programom RxDock), programček pošlje  izračunane podatke nazaj na zbirno mesto na strežniku. Po analizi sidranih spojin bi bil končni rezultat seznam molekul s potencialno vezavo na terapevtsko tarčo (v našem primeru so to virusni proteini). Nato bi lahko preverili ali so te spojine dobavljive in organizirali biološko testiranje v sodelovanju z ostalimi raziskovalnimi skupinami. Podatke o nedobavljivih spojinah bi v nasprotnem primeru lahko posredovali raziskovalnim skupinam za izvedbo sinteze. V optimalnem scenariju bi lahko identificirali spojine zanimive za farmacevtsko industrijo. V kratkem gre za zgodnje raziskave, ki lahko pripomorejo k razvoju zdravila.

Naša rešitev za distribuirano računanje je osnovana na odprtokodnih rešitvah, program za distribuirano računanje smo napisali sami in najdete v repozitoriju GIT:

Za molekulsko sidranje uporabljamo program RxDOCK, ki je prilagojen za operacijske sisteme: Linux, Windows in MacOS.

V načrtu imamo, da postavimo BOINC server in pripravimo več različnih projektov distribuiranega računanja.

NOVOSTI: 

• Dodana je statistika delovanja gruče, vsi klienti so posodobljeni in optimizirani
• Uspešno smo zaključili prvo misijo našega projekta, kjer smo z molekulskim sidranjem iskali inhibitorje glavne proteaze virusa CoV SARS-2.
• V sodelovanju s podjetjem NEOLINK smo razvili grafični klient: SiDock za okolje Windows v katerega je vgrajen tudi ohrajevalnik zaslona, ki prikazuje fotografije svetovno znanega fotografa Bena Saradžiča.